Ab dem 10. Jahrhundert wurden in Europa vor allem Kathedralen und Abteikirchen mit Orgeln ausgestattet. Nachdem der erste Dom in Brixen im 10. Jahrhundert errichtet wurde, liegt die Vermutung nahe, dass bald auch eine Orgel aufgestellt wurde. Ebenso vermuten können wir, dass die späteren Orgeln bei den schweren Bränden des zum Großteil aus Holz erbauten Domes im 12., 13. und 15. Jahrhunderts zerstört wurden.

Bischof Ulrich II. Putsch von Brixen verfasste von 1427 bis 1437 ein Tagebuch in welchem im Jahr 1428 folgende Notiz zu finden ist: „Item hoc anno feci fieri organum, quod est in capella beate Marie virginis in castro Brixinensi“. Diese ist wohl die erste urkundlich gesicherte Nachricht über die Aufstellung einer Orgel im Dombezirk. Bei der genannten Marienkapelle muss es sich um die Frauenkirche handeln.

Nach dem Umbau der Domkirche im Jahre 1503 haben wir Nachrichten über die Besoldung: für den Organisten 16 Gulden viermal im Jahr, während der Kalkant nur 18 Kreuzer erhält.

Erste überlieferte Quelle über einen Orgelbau im Dom stammt aus dem Jahre 1531. Vom Domkapitel wurde Meister Kaspar für den Bau von zwei Orgeln beauftragt, eine größere Orgel im Presbyterium und ein Positiv. Die Orgeln hatten ihren Standplatz nicht auf der Westempore, sondern vorne nahe dem Altarraum. Die Hauptorgel war vorne rechts neben dem Presbyterium, etwa dort, wo heute die Tür vom Rosari-Altar (Sakramentsaltar) in die Süd-Sakristei führt. Das Positiv wurde von Kapelle zu Kapelle getragen und in der Stadt bei Prozessionen eingesetzt.

In den 1620er-Jahren wird der berühmte Orgelbauer Andrä Putz (oder Butz) aus Passau eingeladen, die Orgel zu restaurieren und zu stimmen. Aus diesem Vertrag erfahren wir, dass die große Orgel damals zehn Blasbälge besaß.

Um 1690 wird der aus Deutschland stammende und viele Jahre in Italien wirkende Eugenio Casparini mit einem Orgelneubau und mit der Vergrößerung des Positivs beauftragt. Davon sind der Vertrag und die Registerdisposition erhalten geblieben. Zu dieser Zeit war Johann Jacob Walter als Domorganist tätig. Von ihm sind uns einige Orgelkompositionen überliefert.

1745 begann ein größerer Umbau des Domes, der erst 1754 abgeschlossen wurde. Wie aus den Urkunden ersichtlich, haben sich während dieser Zeit einerseits eine Reihe berühmter Orgelbauer um den Neubau der Orgel beworben und andererseits ging das Domkapitel sehr streng und wählerisch vor, um das Beste vom Besten zu bekommen.

Im Jahr 1756 wurde mit dem Neubau Franz Simnacher beauftragt, der ein Jahr später erkrankte und verstarb. Sein Schwager Alexander Holzhey führte das Werk zu Ende. Der barocken Tradition gemäß waren einige Effekt- oder Nebenregister mit Namen wie Stella, Aves, Kuckuck, Tympani und Glockenspiel vorhanden.

Dieses Instrument hat bis 1898 funktioniert, als im Zuge einer neuerlichen Restaurierung des Domes auch das Ende der barocken Orgel eingeläutet wurde. Danach wurde eine neue pneumatische Orgel im „cäcilianischen“ Stil von den Gebrüdern Mayer aus Feldkirch gebaut, mit 39 Registern, zwei Manualen und Pedal. Da dieses Instrument viele Mängel aufwies, entschloss man sich 1929 zum Bau einer neuen Chororgel, die vorne im Presbyterium im linken Oratorium aufgestellt wurde. Die pneumatische Traktur der Hauptorgel wurde durch das elektro-magnetische System ersetzt, wobei eine dritte Klaviatur hinzugefügt wurde, die mit der Chororgel verbunden war.

Mit den Arbeiten wurde die Firma Dreher & Flamm aus Salzburg betraut. Die großen Erwartungen, die man damals an dieses „moderne“ System in Bezug auf Dauerhaftigkeit und Präzision knüpfte, wurden nicht erfüllt.

Wiederholt war die elektrische Traktur von Problemen und Defekten geplagt, so dass die Forderung nach einem Umbau auf die weniger anfällige mechanische Traktur immer dringlicher wurde. Im Jahr 1977 wurde der Beschluss gefasst, eine neue Orgel mit mechanischer Traktur zu bauen. Der Auftrag wurde an die Orgelbau-Firma Johann Pirchner aus Steinach am Brenner vergeben.