Die erste Münsteranlage nach der Schenkung des königlichen Maierhofes „Prihsna“ an Bischof Zacharias von Säben durch König Ludwig das Kind (dd Regensburg 13.09.901) entstand noch in der ersten Hälfte des 10. Jhs. Es wird jedoch angenommen, dass erst Bischof Albuin (975 -1006) den Sitz endgültig von Säben nach Brixen verlegte. Ob dieses erste Münster von Brixen bereits mit einer Orgel ausgestattet war, kann nicht mit Sicherheit gesagt werden. Es wäre aber durchaus denkbar.

Wissen wir doch, dass bereits im Jahre 757 der oströmische Kaiser Konstantinos V. dem Frankenkönig Pippin eine Orgel zum Geschenk machte. Im fränkisch–alemannisch-bairischen Raum hat sich der Gebrauch der Orgel schnell verbreitet. So ist es nicht undenkbar, dass auch in diesem ersten Münster in Brixen bereits eine Orgel aufgestellt war. Bei den schweren Bränden, die in den Jahren 1174, 1234 und 1444 die Domkirche ganz oder teilweise in Asche legten, sind sicher auch die Orgeln, falls vorhanden, zerstört worden.

Die erste urkundlich gesicherte Nachricht über eine Orgel im Dom von Brixen besitzen wir aus dem Jahr 1531. Von dem sonst wenig bekannten Meister Kaspar wurden im Dom zwei Orgeln aufgestellt, eine große und eine kleinere. Über die Disposition derselben berichten jedoch die Quellen nichts. Der ursprüngliche Standort der Orgeln war nicht wie heute rückwärts auf einer eigenen Empore, sondern vorne rechts neben dem Presbyterium, etwa dort, wo heute die Tür vom Rosari-Altar (Sakramentsaltar) in die Süd-Sakristei führt. 1620 bis 1622 wurden die Domorgeln vom damals bekannten Orgelbaumeister Andrä Putz aus Passau einer gründlichen Reparatur unterzogen, teiweise auch ergänzt und ausgebaut.

In den Jahren 1690/91 erbaute Eugenio Casparini aus dem „Etschtal“, wie es im Kapitelprotokoll des Jahres 1689 heißt, eine neue, dem damaligen Zeitgeschmack entsprechende „Barockorgel“. Casparini entstammte einer in Deutschland durch Generationen tätigen Orgelmacherfamilie „Kaspar“, wurde selbst in Sorau in der Niederlausitz im Jahre 1624 geboren, kam erst später nach Süddeutschland und Norditalien, wo er in verschiedenen Städten Orgeln erbaute. Nach den Plänen des alten Domes waren zur Zeit des Abbruches im Jahre 1745 zwei Orgeln im Dom aufgestellt: die eine an der oben genannten Stelle, die andere am westlichen Ende des Priesterchores.

Obwohl bis zum Neubau des Domes 1746 bis 1754 unter Fürstbischof Kaspar Ignaz Graf Künigl (1702 - 1747) und Fürstbischof Leopold Graf Spaur (1747 - 1778) die Orgel getreulich ihren Dienst zur Ehre Gottes und zur Erbauung der zum Gottesdienst versammelten Gemeinde tat, wurde 1756 Franz Simnacher aus Angelberg bei Mindelheim mit dem Bau einer neuen Orgel betraut. Nach dem schon ein Jahr später 1757 verstorbenen Meister übernahm dessen Schwager Alexander Holzhey die Weiterführung des Orgelbaues, der im November 1758 vollendet wurde.

Bedingt durch die Zeitströmung, die an einer barocken Orgel wenig Geschmack fand, erhielt auch der Brixner Dom nach Abschluss einer Domrestaurierung im Jahre 1898 eine neue Orgel, erbaut durch die Gebrüder Mayer aus Feldkirch. Sie war ausgestattet mit einer pneumatischen Traktur. 1931 wurde die Orgelbaufirma Dreher & Flamm aus Salzburg mit dem Umbau der Orgel auf das elektro-magnetische System betraut. Grosse Erwartungen wurden damals an dieses „moderne“ System geknüpft. Im Protokoll der Kollaudierung wird eigens vermerkt, dass „hier“ in rationeller Weise mit errechenbarer Sicherheit und Gewährleistung einer reichlichen Dauerhaftigkeit eine vorzügliche Präzision erzielt wurde. Diese hochgespannten Erwartungen haben sich nicht erfüllt.

Vor allem während der Heizperiode im Winter traten – bedingt eben durch die Warmluftheizung – immer mehr Funktionsstörungen auf, die ständige und aufwendige Reparaturen notwendig machten. Die Forderung nach Umbau der Orgel auf die weniger anfällige mechanische Traktur wurde immer dringlichen. Nach reiflicher Überlegung und nach eingehender Prüfung der von Fachleuten eingeholten Gutachten hat sich das Brixner Domkapitel in der Sitzung vom 7. Juli 1977 entschlossen, die Orgelbau Firma Johann Pirchner in Steinach am Brenner mit dem Neubau einer Orgel zu betreuen. Als Lieferfrist wurde Herbst 1980 festgelegt.